精子头部畸形率99%是女方怀孕了宝宝并不一定就会是畸形，精子头部畸形率99%，但是还有1%精子属于正常，那么就说明还是有可能是正常怀孕的，只不过宝宝正常的概率相对较低，如果怀孕后不能确认胎儿是否正常，建议定期进行检查，做筛畸检查，从而确认到底宝宝是否属于正常。
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尽管精子畸形率高达99%，但男性睾丸中仍有一小部分精子是正常的，只有正常的精子能够和卵子结合，宝宝就是健康的，当然了，如果男方有精子畸形率高的情况，也可以通过一些方法来改善，这样也是能够怀孕的，男方可以通过以下的方法来改善，从而提高怀上正常宝宝的几率：
一般治疗：患者应积极戒烟戒酒并保持规律作息，同时增加鸡蛋、海参等高蛋白食物摄入，对改善精子质量有一定帮助；药物治疗：如果是泌尿生殖系统感染所造成的，可以在医生的指导下，使用抗生素类的药物进行抗炎治疗，比如盐酸左氧氟沙星胶囊、阿莫西林胶囊等；手术治疗：病情比较严重，通过一般治疗和药物治疗没有改善，那么就有必要时可以选择人工授精、试管婴儿等辅助生殖技术帮助女方受孕。由此可见，精子头部畸形率99%怀孕了对宝宝不一定有影响，不过在特殊情况下，如果是头部缺陷精子和卵子结合受孕，可能引起宝宝畸形，因此此类准爸爸在备孕时一定要多加注意，可以通过以上的治疗方法来让自己怀上正常的宝宝。
参考回答
精子畸形率99%通常属于重度弱精，此时自然受孕的几率较小，但也有可能正常受孕，不要过度灰心，需要积极地配合医生进行治疗。99%的精子畸形，则说明还有1%的正常精子，在精子进入女性体内后，相对健康的精子会向输卵管及子宫的方向前进，畸形的精子会以不正常的方式或方向游走，通常无法与精子卵子相结合，形成受精卵。即使存在99%的精子畸形问题，部分正常的精子也可进行正常游走，进入女性输卵管，与女性排出的卵子相结合，形成受精卵。 END
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