生育津贴扣除工资是按应发工资计算的，也就是没有扣除社保、奖金的税前工资，生育津贴差额计算需要三步：
1、计算生育津贴，生育津贴是按产假天数，以30天为标准，按月平均工资标准/30*产假天数来计算，先将单位月平均缴费工资折算为日工资标准，再乘以天数;
2、计算个人工资，个人工资通常以月来计算，以21.75天为计薪天数来计算日工资;
3、差额部分计算，用员工的总收入减去已经领取的生育津贴金额，即为差额部分。
生育津贴与产假工资采用孰高发放原则，得出差额后，若是生育津贴金额大于产假期间个人工资的，在生育津贴到账后，个人提交申请书，用人单位要依法进行差额补足，是强制性规定。若是生育津贴金额小于产假期间个人工资的，员工则不需要退回。另外，差额部分不需要缴纳个人所得税，在报销款式到达单位账户之后，单位计算出差额就需要及时补足。
